مرکز قرآنی برادران مهد قرآن در بهار سال ۱۳۸۸ در دفتر مرکزی مؤسسه مهد قرآن کریم خمینی‌شهر تأسیس شد.

اهداف اولیه شامل ساماندهی قاریان، اجرای محافل قرآن، تبیین روش‌های نوین آموزش فن تلاوت و تربیت قاریان متخصص و اخلاق‌مدار بود. این مسیر با دعوت از اساتید بین‌المللی و برجسته کشور ادامه یافت.

با گذشت زمان و همزمان با منویات مقام معظم رهبری در زمینه تربیت حافظان قرآن، فعالیت‌های مجموعه توسعه یافته و بخش‌های مختلف قرآنی شکل گرفت.